在机构革新中，水资源办公室负担的主要职能是行政类职能，根据事业单元分类革新，行政类职能划转到水利局机关负担，原事业单元机构打消。根据2018年9月通过的水利部的“三定方案”划定，水利部的职能划分中，水利部水资源治理方面的职能，主要是卖力保障水资源的合理开发使用；组织实施最严格水资源治理制度，实施水资源的统一监视治理和水资源调理，指导开展水资源有偿使用事情；指导水资源掩护事情，组织体例并实施水资源掩护。

水利部建立了水资源治理司，负担实施最严格水资源治理制度相关事情，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用事情。指导水量分配事情并监视实施，指导河湖生态流量水量治理。组织体例水资源掩护计划，指导饮用水水源掩护有关事情。组织开展水资源观察、评价有关事情，组织体例并公布国家水资源公报。

到场体例水功效区划和指导入河排污口设置治理事情。在省级设立水资源治理处，市级设立水资源治理科，县级设立水资源治理股，都是水利机关的内设机构，负担的水资源治理的行政类职能。县级将不再单设事业体例的水资源治理办公室。

由于水资源治理是行政职能，事业单元分类革新要求，以后不再建立行政类事业单元，将原来的行政类事业单元的行政职能，划转到相应的行政机关负担。因此，县级事业体例的水资源办公室将被打消，职能由水利局负担，人员分流到其他事业单元。

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